真嗣：哈哈哈！十年没碰EVA了，没想到你既然还会战斗，还真是，小看你了呢。
十三号机一步步靠近白色巨人Lilith，渚薰劝明日香住手，他有一种不祥的预感。明日香没有听劝，说她就算为了那两把枪坐上EVA来到这里的。渚薰继续劝说，但还是没有，并且渚薰的操纵系统别切断了，自动切换到了傀儡系统，十三号机眼睛变红，继续靠近两把郎枪。
明日香：为了薰！为了大家！我一定要拿到枪！一定要，把这个世界变回去！
真嗣：可恶，这样下去啥都会完的，猫女！允许你使用AA弹！
真希波：就等你这句话。
十三号机爬到了巨人身上，八号机连射两发AA弹，全部命中，但是十三号机却没有开启立场，不过准确的说十三号机根本没有立场，接下了两发AA弹后的十三号机把子弹吸入了体内，胸部破裂，有两只手从里面伸出，四只手的十三号机一下抓住了两杆枪准备拔出。
薰：不能拔出来！明日香！
真嗣：快住手臭丫头！
即使在怎么劝，明日香依然拔出两杆郎枪，顿时，巨人的身体炸裂，瞬间变成一片血海。另一半在作战指挥室的头颅也炸开了。
血海之上，十三号机称悬浮的姿态停留在空中，身上的血液不断流下，而在血海的海面上，刚刚失去动力的Mark.06复原了，识别类型为，蓝色，是使徒。
充满电后的二号机再次投入战场，识别到了蓝色后通知了真希波。
真嗣：糟了！第十二使徒还活着，猫女！投放三号集装箱！
二号机拆下左手，装备了三号集装箱内的手臂加特林。
真嗣：必须要在冲击开始前解决掉使徒。
就在真嗣准备开枪时，Mark.09杀了出来，直接将Mark.06的头部砍下。在Mark.06的头部被砍下的地方延伸出了许多类似电线一样的东西，而身体掉入在血海之中。
Mark.06的头部瞬间将十三号机包围，化成了一个巨大的核心，二号机不断开枪，但是没有用。随后巨大的核心化成绫波的样子，十三号机驾驶舱内明日香和渚薰都启动不了机体，明日香问渚薰怎么会这样，而薰在一旁念叨着。
渚薰：没想到，身为第一使徒之一的我，居然会被贬为第十三使徒。
十三号机的拘束器脱落，慢慢的生长的其他的东西。
渚薰：是始既终吗？真不愧是你啊，lilin的王！
二号机内部收到信息，DSS项圈检测到了蓝色波纹，识别为“不存在的第十三使徒”
真嗣：果然，是薰那家伙带着项圈。
NERV里，碇源堂在曾经的会议室里，面对着seele，告诉他们一切都将毁灭，死海文书和人类补完就要他来完成。随后seele的石碑一个接一个的关闭，欢乐颂随之响起，巨大的核心变成一个胚胎，随后变成了一颗生命果实，被十三号机一口咬下。
自身带有着智慧果实，又吞噬了生命果实，十三号机已然觉醒，成为接近神的存在。
真希波：最终还是觉醒了吗，Adam的遗骸。
十三号机通体发出白光，肩部长处出一对翅膀，背部散发出两个巨大的天使圆环。直接飞出中央教条，到达天空，头顶出现一个血红色光环，随后向四周扩散，冲击再次降临在这已是满目沧桑的地球。