开篇小剧场
新世界里，NERV的几人趁快要过年了，一同出来野营，到了中午，真嗣几人想去抓两条鱼来加餐，但是没能找到合适的树枝，随后巧就掏出一把小型的朗基努斯交给了真嗣。
真嗣：原来这才是朗基努斯的真正用法啊。
正篇开始
使徒袭来，真嗣立刻到达了岗位上，碇源堂下令立即让初号机出动，初号机装备了空中迎接装备后立刻发射了出去。
真嗣：今天的我可是很不爽呐！
初号机到达地面，还没反应过来，使徒体内出现高能量反应，使徒变换了形状后对着初号机的方向一炮过去，房屋直接被射穿融化，即使初号机开启了at立场，但任然被击中了，瞬间插入栓内LCL温度升高，真嗣在里面十分的难受。地上的装甲板升起，帮初号机挡了一下使徒的炮机，真嗣趁机拿起武器躲到了一边。本想拿装甲板挡一下后对使徒发起进攻，但使徒再次变换形状又一炮打了过去，并且这次的威力更大，装甲板直接融化，初号机也被打退到原来运输台的位置。
美里立刻取消了作战，以保护驾驶员最优先，初号机被收回，使徒也变回了原来的形状停止攻击。初号机一会到NERV就立刻启动了LCL冷却装置，此时的真嗣已经濒临死亡，处于昏迷状态，心律极地，然后立刻调整了作战服的生命维持系统进行心肺复苏，有惊无险，真嗣被救了回来。
真嗣恢复了一点意识，插入栓强行弹出，排空LCL，真嗣一被抬出驾驶舱就被送去医务室抢救，最后抢救了回来但现在处于昏迷状态。使徒停在了NERV的正上方，下边的身体变换形状，成一个螺旋状往地下深入。作战讨论室里，美里跟几位工作人员解析着使徒的能力，推测使徒会自动的消灭一定范围内的外敌，这样便无法进行近距离战斗，at立场也还存在，并且会不断发生变化，外形不稳定，中和工作无法进行。如果使用N2炸弹的话其量足以连同NERV总部一起消灭，现在联合国和政府都想通过NERV自爆来消灭使徒。
此时使徒向下侵入的深度已经穿过了两层装甲板，预计穿过全部装甲板到达NERV的时间为明早的凌晨0：06：54。时间也只剩下大约十小时了。而零号机还没调整完毕，初号机也因刚刚受到了重创，现在都无法进入实战。此时美丽脑里有了个离谱的方法。
美里几人来到了离使徒一定距离的山附近，强行动用了战自研研究部还在开发的机密武器，此武器外号为“超电磁炮”，可以将电与特制子弹结合一起，按照不同的充能数据，平均射速可达到1038m/s，这就是破坏力超强的巨型武器-阳电子大炮。
但由于没有完全研究完毕，无法自动调整精度，只能由EVA自行进行高精度瞄准狙击。但是没想到，美里居然真的把这些人都说服了，联合国允许NERV借用此武器。
没过多久，电视台报道了晚上到明天将会有大规模停电，原来打算用全国的电能来给阳电子大炮充能。
黄昏时分，真嗣依然昏迷在医务室，丽则一直守在外面。此时另一边，使徒已经攻破了七层装甲板，电力系统的工作人员不停的将线路联通，大约在晚上22：50：00完成所有电路，并全线通电。阳电子大炮预计在作战开始前能够组装完毕，初号机在替换用于高精度狙击的G型装备，大约再过两小时能够完成替换，现在只剩下驾驶员了。司令也在考虑着这件事，拥有傀儡模式的插入栓还没研发出来，真嗣又昏迷着，最坏的情况下只能由丽去驾驶。
医务室里，真嗣恢复了一点意识，他做了一个梦，梦到自己在一辆列车上，坐在对面的一个看不清脸的人问真嗣“为什么要驾驶EVA”真嗣没有回答，那个人又说“继续驾驶EVA只会更加的痛苦，为何不放弃EVA做回一个平凡的人”真嗣回答道。
真嗣：我是不会放弃驾驶EVA的，刚开始我也在想，我为什么要驾驶，但是没过多久，我就想通了。我要成为一个笨蛋，一个不惜搭上自己性命拼命去保护他人的，笨蛋。
真嗣从昏迷中醒来，他举起一只手看了看，然后将手放在额头上，说“真是个奇怪的梦”真嗣注意到了旁边的丽。
真嗣：嗯？绫波？你怎么在这？
绫波：我是来通知你明天凌晨展开的屋岛作战计划的。两位驾驶员于今日19：30到达第二枢纽集合，20：00，两台EVA开始移动，05分出发，30分到达儿子山第二要塞，随后等待新命令下达，凌晨0时作战开始。
绫波拿出了一盘饭菜给真嗣，告诉他还有90分钟就要开始行动，要真是快点吃，真嗣接过饭菜，礼貌性的说“我开动了”
晚上，使徒已经攻破了17层装甲板，距离抵达NERV总部还有4小时，电路等准备已经全部完成，但是真嗣迟迟未到，美里去找真嗣，在两栋大厦中间的天桥上找到了他。
美里：怎么了真嗣，集合时间已经过了。
真嗣：我调查了一些事，我想问一问你。
美里：什么事？
真嗣：我想去NERV最底层哪里。